ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀實驗簡介
ChIP（chromatin immunoprecipitation assay, 染色質(zhì)免疫共沉淀）是研究體內(nèi)DNA與蛋白結(jié)合的重要技術(shù)，主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq兩種；其中ChIP-qPCR用來驗證與目標蛋白結(jié)合的已知DNA片段，ChIP-seq用來篩選與目標蛋白結(jié)合的未知DNA片段。
先用甲醛交聯(lián)細胞內(nèi)“蛋白-DNA”復(fù)合物，并用超聲波破碎DNA至適合的長度。細胞裂解后，孵育結(jié)合了抗體的珠子，誘餌蛋白通過其抗體便結(jié)合到了Beads上，同時和誘餌蛋白互作的DNA，也一起沉淀到Beads上。洗滌掉未結(jié)合的DNA后，再用洗脫液將DNA-蛋白復(fù)合物從Beads洗脫下來，便得到染色質(zhì)免疫共沉淀產(chǎn)物。DNA-蛋白復(fù)合物去交聯(lián)后，既可qPCR檢測已知DNA片段，也可用二代測序與蛋白互作的DNA片段。
當沒有合適的誘餌蛋白抗體時，可以通過表達融合了flag標簽的誘餌蛋白，利用flag標簽做免疫沉淀。即細胞過表達Flag-Bait，經(jīng)裂解后與anti-Flag珠子孵育，誘餌融合蛋白與Beads結(jié)合，與誘餌融合蛋白互作的DNA“共沉淀”到Beads上，再經(jīng)洗滌、洗脫后做qPCR或NGS測序。
CHIP染色質(zhì)免疫共沉淀實驗外包-輝駿服務(wù)優(yōu)勢
輝駿生物10年科研服務(wù)經(jīng)驗，專業(yè)提供分子互作實驗服務(wù)，包括蛋白與蛋白、蛋白與DNA、蛋白與RNA、RNA與RNA的相互作用技術(shù)，經(jīng)驗豐富，實驗結(jié)果穩(wěn)定、可靠。
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Chip染色質(zhì)免疫沉淀實驗流程
不帶標簽的染色質(zhì)免疫共沉淀流程圖
帶標簽的染色質(zhì)免疫共沉淀流程圖
Ch-IP染色質(zhì)免疫共沉淀實驗技術(shù)應(yīng)用背景
◆ 基因表達是一個復(fù)雜、調(diào)控有序的過程，DNA與蛋白質(zhì)的相互作用是基因轉(zhuǎn)錄起始和調(diào)控的關(guān)鍵，研究它們的相互作用是研究染色質(zhì)上基因表達調(diào)控的重要領(lǐng)域。
◆ chip（染色質(zhì)免疫共沉淀）是檢測體內(nèi)條件下DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法，該技術(shù)由 Orlando等于1997年創(chuàng)立，目前已廣泛應(yīng)用于組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子作用位點和DNA甲基化等研究中。
◆ 轉(zhuǎn)錄因子也稱為反式作用因子，是指能夠與真核基因的順式作用元件發(fā)生特異性相互作用來激活或抑制基因表達的DNA結(jié)合蛋白。轉(zhuǎn)錄因子有4個主要結(jié)構(gòu)域：DNA結(jié)合域決定了轉(zhuǎn)錄因子的特異性，轉(zhuǎn)錄調(diào)控域（包括激活域或抑制域）決定了轉(zhuǎn)錄因子的功能，寡聚化位點使不同轉(zhuǎn)錄因子間發(fā)生相互作用，核定位信號控制轉(zhuǎn)錄因子進入細胞核。
◆ 組蛋白是染色質(zhì)基本結(jié)構(gòu)——核小體中的重要組成部分，其N-端尾部暴露在核小體的表面，可發(fā)生乙?；⒓谆?、磷酸化、泛素化、多聚 ADP 糖基化等共價修飾，影響組蛋白與DNA的親和性，改變?nèi)旧|(zhì)的疏松或凝集狀態(tài)，或影響其它轉(zhuǎn)錄因子與靶基因啟動子的親和性，激活或抑制基因表達。
◆ DNA甲基化是在不改變DNA序列的前提下，由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶將S-腺苷甲硫氨酸(SAM)上的甲基轉(zhuǎn)移到DNA上，其中發(fā)生在CpG二核苷酸中胞嘧啶上第5位碳原子的甲基化（5-mC）是DNA甲基化的主要形式。甲基的引入使DNA分子空間結(jié)構(gòu)改變，DNA大溝無法與DNA結(jié)合蛋白（轉(zhuǎn)錄因子、拓撲異構(gòu)酶、RNA聚合酶、阻抑蛋白等）正常結(jié)合，導(dǎo)致某些基因轉(zhuǎn)錄失活。因此，DNA甲基化通常抑制基因表達，去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達。
染色質(zhì)免疫共沉淀chip實驗服務(wù)信息
服務(wù)項目
| 服務(wù)內(nèi)容 | 結(jié)果交付 | 實驗周期 | 客戶提供 | 價格
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ChIP qPCR
| Western blot檢測樣本（input）中的誘餌蛋白 | Western blot檢測圖 | 4-5周
| 實驗樣本 誘餌蛋白的IP級抗體 實驗信息表 |
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ChIP調(diào)取誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段 （2組：實驗組和對照組） | 誘餌蛋白的Western blot檢測圖 待測DNA序列的qPCR檢測數(shù)據(jù)
ChIP實驗報告 |
| ChIP seq | Western blot檢測樣本（input）中的誘餌蛋白 | Western blot檢測圖 | 4-5周 | 實驗樣本 誘餌蛋白的IP級抗體 實驗信息表 |
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ChIP調(diào)取誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段 （2組：實驗組和對照組） | 誘餌蛋白的Western blot檢測圖 ChIP實驗報告 |
Seq檢測ChIP產(chǎn)物中的DNA片段并分析 （2組：input組和實驗組） | Seq檢測結(jié)果 檢測和分析報告 | 9周
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ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀實驗外包樣本要求
樣本類型
| ChIP qPCR 建議送樣量 | ChIP seq 建議送樣量 |
| 動物細胞 | 3*10e7個細胞/組（約3個10cm皿） | 5*10e7個細胞/組（約5個10cm皿） |
▲注意：這里列出的均為每組樣本的送樣量，如果實驗和對照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷售索取。
保存及運輸：-80℃保存，干冰取樣/運輸，至少在送樣前2天通知我司。
chip實驗技術(shù)研究案例—輝駿生物客戶文章解析
Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming.
Nature Cell Biology. 2018. (IF=28.824)
NCoR/SMRT與c-MYC共同抑制體細胞重編程
研究概述
Ncor1(編碼NCoR)和Ncor2(編碼SMRT)在小鼠胚胎成纖維細胞(MEF)、胚胎干細胞(ESC)和OSKM重編程細胞中均有表達，無論用怎樣的轉(zhuǎn)導(dǎo)方法、報告系統(tǒng)、MEF類型或培養(yǎng)基，抑制Ncor1/2的表達都能增強OSKM誘導(dǎo)的重編程，這是因為NCoR/SMRT–HDAC3共抑制復(fù)合物通過與OSKM因子（尤其是c-MYC）相互作用為重編程制造障礙，這一發(fā)現(xiàn)揭示了c-MYC在重編程中的雙重作用，也有助于解釋為何用OSKM而非OSK誘導(dǎo)重編程更容易產(chǎn)生pre-iPSCs，以及為何用HDAC抑制劑對OSKM而非OSK誘導(dǎo)的重編程能產(chǎn)生更強的效果等問題。
研究路線
RNA-seq發(fā)現(xiàn)敲除NCoR/SMRT可在重編程后期激活多能性基因基因過表達/干擾結(jié)果顯示NCoR/SMART抑制重編程需要借助HDAC3去乙酰化酶活性H3K27ac的ChIP實驗表明HDAC3通過誘導(dǎo)多能基因位點的組蛋白去乙?；瘉硪种浦鼐幊?/span>NCoR/SMRT的ChIP實驗表明NCoR/SMRT通過HDAC3介導(dǎo)的組蛋白去乙?；种贫嗄芑蚣せ?/span>COIP和ChIP等表明c-MYC與 NCoR/SMRT和HDAC3相互組用，招募它們到多能基因位點報告基因和誘導(dǎo)重編程等實驗發(fā)現(xiàn)c-myc募集NCoR/SMRT-HDAC3抑制多能基因?qū)χ鼐幊掏砥谑遣焕?/span>
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