DNA pull down * 實驗原理
DNA pull down是體外條件下研究目標DNA片段與蛋白質(zhì)相互作用的技術(shù)。首先，體外制備帶有生物素標記的DNA探針；之后，生物素DNA探針結(jié)合到鏈霉親和素磁珠上；再將DNA-Beads與細胞裂解液孵育，這樣DNA結(jié)合蛋白便一起吸附在Beads上；洗滌掉未結(jié)合的蛋白后，再用洗脫液將DNA結(jié)合蛋白從Beads洗脫下來，得到DNA pull down產(chǎn)物。DNA-protein復合物既可以用Western Blot檢測已知蛋白，也可以用質(zhì)譜鑒定未知蛋白。
輝駿生物10年科研服務(wù)經(jīng)驗，專業(yè)提供分子互作實驗服務(wù)，包括蛋白與蛋白、蛋白與DNA、蛋白與RNA、RNA與RNA的相互作用技術(shù)，經(jīng)驗豐富，實驗結(jié)果穩(wěn)定、可靠。
我公司自有分子、細胞和質(zhì)譜實驗平臺，能執(zhí)行最優(yōu)的實驗路線，對微量互作蛋白的質(zhì)譜鑒定有充足把控力，對后續(xù)功能分析有獨到見解。
我們不僅會提供專業(yè)的售前方案建議、而且售后技術(shù)支持將一直保持到文章發(fā)表，確保您安心進行下游實驗及投稿。
目前，客戶已在Signal Transduction and Targeted Therapy (IF: 52.7）、Journal of Hematology & Oncology (IF: 40.4)、European Heart Journal (IF: 35.7）、Molecular Cancer (IF: 33.9）、Cell Discovery (IF: 33.5）、Nature Methods (IF: 32.1）等高水平期刊成功發(fā)表大量高分文章（點擊查看客戶文獻）。
DNA pull down * 實驗流程
DNA pull-down * 應用背景
DNA pull-down以感興趣的DNA序列為中心，尋找與該序列結(jié)合的蛋白質(zhì)，最常見的應用是尋找某特定基因啟動子的轉(zhuǎn)錄因子。
啟動子通常位于結(jié)構(gòu)基因5'端上游，含有RNA聚合酶特異性結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始所需的保守序列。轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子，是一種DNA結(jié)合蛋白，它能與真核基因的順式作用元件（如啟動子、增強子等）特異性結(jié)合來激活或抑制基因表達。轉(zhuǎn)錄因子有4個主要結(jié)構(gòu)域：DNA結(jié)合域決定轉(zhuǎn)錄因子的特異性，轉(zhuǎn)錄調(diào)控域（包括激活域或抑制域）決定轉(zhuǎn)錄因子的功能，寡聚化位點使不同轉(zhuǎn)錄因子間發(fā)生相互作用，核定位信號控制轉(zhuǎn)錄因子進入細胞核。
一個基因的啟動子通常會結(jié)合多種轉(zhuǎn)錄因子，尋找啟動子的特異轉(zhuǎn)錄因子，有助于我們理解這些啟動子下游的功能基因是如何被調(diào)控的。
DNA pull down * 服務(wù)信息
| 服務(wù)項目 | 服務(wù)內(nèi)容 | 結(jié)果交付 | 實驗周期 | 客戶提供 | 價格
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DNA pull-down WB （驗證型） | 制備DNA探針 | 探針電泳圖 | 3-4周 | 實驗樣本 目標序列質(zhì)粒模板 待測蛋白抗體 實驗信息表 |
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| Western blot檢測待測樣本中的待測蛋白 | Western blot檢測圖 |
DNA pull down捕獲目標DNA片段及其結(jié)合蛋白 | 待測蛋白Western blot檢測圖 DNA pull down實驗報告 |
DNA pull-down MS （篩選型） | 制備DNA探針 | 探針電泳圖 | 5-6周 | 實驗樣本 目標序列質(zhì)粒模板 實驗信息表
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DNA pull down捕獲目標DNA片段及其結(jié)合蛋白 | SDS-PAGE銀染檢測圖 DNA pull down實驗報告 |
| LC-MS/MS定性檢測pull down產(chǎn)物的蛋白、篩選實驗組獨有蛋白（潛在互作蛋白） | 質(zhì)譜檢測結(jié)果及報告 互作蛋白篩選表格 生物信息學分析結(jié)果和報告 |
DNA pulldown * 樣本要求
樣本類型
| DNA pull down WB建議送樣量 | DNA pull down MS建議送樣量 |
| 動物細胞 | 3*10e7個細胞/組（約3個10cm皿） | 5*10e7個細胞/組（約5個10cm皿） |
| 動物組織 | 1g/組 | 2g/組 |
| 植物葉片 | 2g/組 | 4g/組 |
| 植物根或果實 | 4g/組
| 8g/組 |
| 菌體 | 50ul菌體沉淀/組 | 100ul菌體沉淀/組 |
▲注意：這里列出的均為每組樣本的送樣量，如果實驗和對照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷售索取。
保存及運輸：-80℃保存，干冰取樣/運輸，至少在送樣前2天通知我司。
DNA pull-down * 結(jié)果示例
DNA pull down-MS：SDS-PAGE銀染檢測圖
DNA pull-down MS：互作蛋白鑒定表示例
DNA pulldown MS：互作蛋白生信分析結(jié)果示例
DNA pull down服務(wù)案例—客戶文章解析
Gu Z.Y. et al: Overexpression of CLC-3 is regulated by XRCC5 and is a poor prognostic biomarker for gastric cancer.
Journal of Hematology & Oncology. 2018. (中科院1區(qū)，IF=23.168).
lncRNA LAMP5-AS1通過調(diào)控DOT1L甲基轉(zhuǎn)移酶活性促進MLL白血病發(fā)展
研究背景
鼻咽癌的已有研究指出，氯離子通道-3(CLC-3)是一種有應用前景的癌癥生物標志物；但是，CLC-3能否作為胃癌的預后生物標志物以及它在胃癌中的作用機制卻鮮有報道。CLC-3過表達是胃癌不良預后的生物標志物，并且CLC-3可能通過PI3K/AKT信號通路調(diào)節(jié)細胞增殖和遷移。胃癌中CLC-3過表達的調(diào)控機制是：XRCC5結(jié)合CLC-3啟動子區(qū)并增加其啟動子活性，并且與PARP1相互作用在轉(zhuǎn)錄水平正調(diào)控CLC-3的表達。
研究路線
免疫組化實驗表明CLC-3在胃痦組織中高表達，且與患者不良預后有關(guān)
RNA-seq分析和細胞實驗發(fā)現(xiàn)敲除CLC-3抑制細胞增殖和遷移，且影響了PI3K/Akt信號通路的很多基因
免疫組化實驗表明XRCC5和CLC-3的表達呈正相關(guān)，且兩者高表達指示患者預后不良
基因表達/敲除和細胞功能實驗結(jié)果顯示CLC-3的表達和功能受XRCC5的調(diào)節(jié)
CoIP結(jié)合質(zhì)譜實驗篩選到了XRCC5的互作蛋白PARP1，體內(nèi)DNA探針檢測發(fā)現(xiàn)PARP1也可以與CLC-3啟動子結(jié)合，XRCC5和PARP1協(xié)同調(diào)控CLC-3的表達和功能
小鼠移植瘤實驗表明CLC-3在體內(nèi)可也以被XRCC5調(diào)控，影響腫瘤生長
DNA-pull down實驗客戶文章
【研究內(nèi)容】：DNA甲基化在調(diào)節(jié)基因表達中起著重要作用，而失調(diào)的DNA甲基化參與了各種疾病的發(fā)病機制。本研究 利用DNA甲基化芯片技術(shù)（MeDIP-chip）檢測了首發(fā)精神分裂癥患者外周血單個核細胞（PBMCs）全基 因組DNA甲基化失調(diào)的情況，發(fā)現(xiàn)SHANK3啟動子高度甲基化。DNA pull down MS和ChIP-qPCR找到并確定了與SHANK3啟動子高甲基化區(qū)結(jié)合并正調(diào)控其表達的轉(zhuǎn)錄因 子YBX1，表明PBMCs中SHANK3的高甲基化可以作為SCZ的潛在外周生物標志物。
使用相關(guān)技術(shù)：DNA pull down ms檢測、DNA-pull down探針制備實驗、DNA pull-down技術(shù)服務(wù)
【研究內(nèi)容】：三陰性乳腺癌(TNBC)是最具侵襲性的乳腺癌亞型。TNBC凋亡細胞胞外囊泡的趨化因子陣列分析發(fā)現(xiàn)： 胞外囊泡中的CXCL1是激活TAM/PD-L1信號通路的關(guān)鍵成分，CXCL1的敲低可顯著抑制胞外囊泡誘導的 TNBC生長和轉(zhuǎn)移。DNA?pull down MS和Luc等實驗也確定了CXCL1能與PD-L1啟動子結(jié)合，并轉(zhuǎn)錄激活 EED介導的PD-L1啟動子活性來增強TAM/PD-L1信號轉(zhuǎn)導。此外，TPCA-1可以作為改善TNBC預后的靶向候 選藥物，且無明顯毒性。
使用相關(guān)技術(shù)：DNA pull-down ms、DNA pulldown實驗檢測
【研究內(nèi)容】：本研究通過雙熒光素酶，ChIP，DNA pull down和RNA pull down，RIP等實驗發(fā)現(xiàn)lnc-GD2H在肌肉再生中的作用：在成肌細胞增殖過程中，c-Myc蛋白與lnc-GD2H啟動子結(jié)合并調(diào)節(jié)其轉(zhuǎn)錄，促進成肌細胞增殖；在成肌細胞分化過程中，lnc-GD2H與成肌細胞分化相關(guān)蛋白NACA相互作用，抑制其在Myog啟動子的富集，減輕NACA對Myog的抑制作用，促進Myog表達和成肌細胞分化。
使用相關(guān)技術(shù)：DNA pull down檢測、DNA-pull down探針制備、DNA pull-down質(zhì)譜實驗服務(wù)
【研究內(nèi)容】：本研究報道了家蠶中調(diào)控絲素蛋白編碼基因所必需的啟動子相互作用蛋白（PIP），包括絲素重鏈(Fibre H)、絲素輕鏈(FiBL)和一個25kD的多肽蛋白(P25)。作者通過DNA pull down結(jié)合質(zhì)譜分析鑒定與FibH、FiBL和P25啟動子區(qū)域相互作用的蛋白質(zhì)，研究首次提供了與絲素基因啟動子相互作用的蛋白質(zhì)的深入圖譜，有助于更好地理解絲蛋白的合成調(diào)控。
使用相關(guān)技術(shù)：DNA pulldown MS、DNA pulldown技術(shù)
輝駿實力
實驗熱線：4006991663
